（一）研究院实行双轨制一体化管理，研究院既属校级研究中心，依托中国农业大学资源与环境学院，又实行企业化运作。研究院依托中国农业大学资源与环境学院，将充分发掘和利用资环学院丰富的科研人才和技术资源，一方面通过研究工作产出科研成果，包括技术、产品、专利和文章等；另一方面通过技术授权（转让）或企业乳化的方式实现收益，形成适合研究院持续发展的模式。

（二）研究院管理体制为战略咨询决策委员会领导下的院长负责制。研究院聘请相关方领导及专家组成战略咨询决策委员会，负责每年工作计划制定、政府拨款项目经费的预算决议、重大工作监督等。委员会任期三年，每年年底至少召开一次工作会议。研究院日常工作由院长负责，并聘任2名副院长分别负责对内对外工作。研究院下设办公室、财务、人力资源、外联、研究中心、培训等部门。

（三）研究院将组建学术委员会，聘请国内外相关领域顶尖专家组成该委员会，每三年一届，负责研究院的科研及产业发展方向制定以及新技术、新产品的跟踪等。

（四）研究院在研究及成果转化领域将坚持产学研结合，着重探索建立以下三方面的机制创新：一是建立技术创新的市场导向机制，广泛集聚创新资源，促进技术进步；二是建立鼓励技术创新的利益导向机制，充分调动科研团队与技术研发人员的积极性；三是探索新型研发组织的建设模式，促进研发平台的开放和资源的广泛集聚。研究院通过技术服务、股权投资、专利授权、成果转移转化等方式形成自我造血功能，形成持续投入和运行。

（五）在市场化运营方面，研究院通过为苏州韩博科技公司提供技术支持，促进韩博餐厨垃圾处理机迅速占领国内市场；通过支持苏州市吴中区有机农业发展，打造吴中特色农产品品牌，促进农产品品质和效益双提高。